相较于保税区模式，上海自贸试验区的功能不仅仅在于促进货物贸易，更重要的在于促进投资便利化和扩大服务业开放。这其中必然涉及货币结算的便利化、税收政策的国际化、货物中转的简易化等几个方面。
　　日前，上海浦东现代物流行业协会在走访会员单位时，了解到不少物流企业在“营改增”过程中，因种种原因导致税负不降反增，便与上海自贸试验区税务分局取得联系，研究如何使物流企业享受到税务改革的红利。
　　企业关注三大问题
　　针对企业遇到的问题，上海浦东现代物流行业协会与上海自贸试验区税务分局联合召开区内物流企业座谈会，参会企业涵盖外高桥保税区、洋山保税港区、浦东机场综合保税区三个区域，共19位企业负责人和财务主管出席了座谈会。
　　座谈会上，企业集中反映了三大问题：首先，在”营改增“过程中，部分发票如港口建设费、港务港杂费等定额发票不能抵扣。
　　其次，市政府相关文件规定2008年之前买的黄标车在2014年12月31日之前必须置换，但每辆黄标车最高补贴为1.5万元，这和新车30万元购置费相比显得“杯水车薪”。此外，市政府相关文件还规定，如果企业在2014年4月之前更换新能源天然气车辆，将每辆补贴10万元。但这些用气汽车比用油汽车的购买成本要高出10万元，而且上述补贴不是在购车时抵扣掉，而是用气量达到一定总量时方可享受，也就是说在新车要运营半年甚至一年后，才能拿到补贴。
　　第三，在“营改增”操作流程上，按照现在的规定，大部分企业必须到税务部门指定地方，集中开增值税发票，不仅增加了成本，还会引起商业秘密泄漏。
　　对于企业反映的上述问题，上海自贸试验区税务分局方面表示，会后将认真研究，制定出具体可行的办法，帮助企业降低税负。
　　自贸区税收政策可以更大胆
　　日前，市税务局发布的数据显示：上半年上海共完成税收5370.8亿元，同比增长13.7%。值得注意的是，今年上半年，上海自贸试验区完成税收342.5亿元。
　　在“营改增”试点方面，上海平稳推进铁路运输、邮政服务、电信行业的试点扩围。“营改增”试点以来，本市共有21.1万户企业经确认纳入了“营改增”试点范围，试点企业及下游企业共减负约500亿元，上述新扩围的三大行业共有逾2400户企业参与试点。
　　有专家建议，上海自贸试验区在税收政策方面可以更大胆，诸多国内尚未开征或者正在改革中的税种可以在上海自贸试验区进行更大胆的尝试，比如在上海自贸试验区进行全行业“营改增”等。
　　不过，业内人士认为，如果今后要在上海自贸试验区实行全行业“营改增”，应考虑两个方面的问题：对区外企业注册所在地、对上海可能造成的减税效应分析;因减税导致经济结构调整、经济总量上升可能引发的税收增量效应分析。建议在以上分析的基础上，模拟可能的税收平衡模型，以此评估“营改增”进程。